出生前診断™SNPマイクロアレイ
Reveal®マイクロアレイは、先天異常、胎児超音波異常、流産および死産と関連のある染色体の不均衡を検出する染色体マイクロアレイ検査です。
出生前検査におけるSNPマイクロアレイの活用方法については以下で動画を公開しております。
出生前遺伝学的検査におけるSNPマイクロアレイ染色体検査の活用（第49回日本遺伝カウンセリング学会 スイーツセミナー1）
侵襲的な出生前遺伝学的検査の第一選択として
日本産科婦人科学会は、胎児に形態異常を認める場合や、遺伝学的なリスクにより羊水検査などの遺伝学的検査を行う場合に、染色体マイクロアレイの実施を考慮することを推奨しています1。海外でも主に下記のようなガイドラインが示されています。
ACOG（American College of Obstetricians and Gynecologists）2
侵襲的検査を希望する全ての患者に対して
染色体マイクロアレイを選択可能とすることが推奨される
“…it is recommended that chromosomal microarray analysis be made available to any patient choosing to undergo invasive diagnostic testing.”
超音波での胎児形態異常を理由に侵襲的検査を行う場合は
染色体マイクロアレイが第一選択として推奨される（G分染法に置き換えて）
“…chromosomal microarray analysis should be recommended as the primary test (replacing conventional karyotype) for patients undergoing prenatal diagnosis for the indication of a fetal structural abnormality detected by ultrasound examination. … ”
ISPD（International Society for Prenatal Diagnosis）3
胎児の超音波異常（NT3.5mm以上を含む）を認める場合、
確定的検査と染色体マイクロアレイによる評価を実施すべきである
“Fetus with ultrasound abnormalities, including NT measurement ≥3.5mm, should be offered diagnostic testing and evaluation with chromosomal microarray regardless of the prior NIPT result. “
出生前検査におけるSNPマイクロアレイの有用性
SNPマイクロアレイを実施した6万人以上の妊婦を対象とした調査では、検査理由が「高齢出産」である妊婦の1.8%、「超音波異常」である妊婦の5.0%に追加所見（通常の染色体分析は正常核型、SNPマイクロアレイは異常結果）が検出されました。
下記表は、超音波所見別の追加所見の検出率を示しています4 。
| 超音波所見 | Pathogenic | IBD*1 | UPD*2 | 合計 |
|---|---|---|---|---|
| 大奇形全般 | 4.9 % | 2.9 % | 0.4 % | 8.2 % |
| 大奇形-心奇形あり | 8.1 % | 2.4 % | 0.3 % | 10.8 % |
| 多発奇形全般 | 6.1 % | 5.7 % | 1.2 % | 13.0 % |
| 多発奇形-心奇形あり | 8.2 % | 3.5 % | 1.0 % | 12.7 % |
| NT肥厚 | 3.5 % | 4.4 % | 0.3 % | 8.2 % |
| 横隔膜ヘルニア | 6.2 % | 2.1 % | 0.5 % | 8.8 % |
| 全前脳胞症 | 6.9 % | 2.5 % | 2.9 % | 12.3 % |
- *1 IBD: Identity by descent（家系同一性）
- *2 UPD: Uniparental disomy（片親性ダイソミー）
Reveal® SNPマイクロアレイの仕様
本検査では、Applied Biosystems™のCytoScanHD AccelArrayを活用しています。
| プローブ密度 | 総数270万個を超えるマーカーを搭載
|
|---|---|
| コピー数変化の検出 |
|
| コピー数変化を 伴わない所見の検出 |
片親性ダイソミー（UPD）、家系同一性（IBD）、全胞状奇胎、常染色体潜性遺伝性疾患と関連のあるホモ接合領域 |
- *1 ISCA: International standards for cytogenomic arrays consortium
- *2 OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man
Reveal® SNPマイクロアレイの特徴
| 豊富な実績 | 2008年以来、23万件以上のマイクロアレイを実施してきた豊富な実績と経験があります |
|---|---|
| 低いVUS率 | 充実した独自のデータベースと報告基準により、低いVUS率（1~2%）を実現しています |
| VUS検出時の 無償血縁者解析 |
VUSを検出した場合、臨床的意義を明らかにするために無償で血縁者解析を実施します ※弊社から無償の血縁者解析を提案させていただく場合に限ります |
| カウンセリング資料 | 本検査に特化したカウンセリング資料をご用意しております |
| 出生後の再解析 | 出生前検査では小児科領域のマイクロアレイよりも厳格な報告基準を使用しており出生後に小児科領域の報告基準での再解析が可能です（追加検体・追加費用は不要） |
Reveal® SNPマイクロアレイのご利用例
Rapid FISHと組み合わせることで、Rapid FISHが異常結果の場合、SNPマイクロアレイをキャンセル・染色体分析への変更が可能です。染色体異常の約83%を占める513, 18, 21, X, Y染色体の異数性をSNPマイクロアレイ開始前にスクリーニングすることにより、費用負担の抑制、VUSや二次的所見の回避に繋がる可能性があります。
母体血混入試験の同時依頼について
出生前検体（絨毛や羊水）には母体DNAの混入リスクが存在し、コピー数異常の検出や結果解釈、低頻度モザイクの検出に影響を与える恐れがあるため、本検査では母体血混入試験（MCC）の同時依頼が必須となります*1。MCCでは、STRマーカーを用いたマルチプレックスPCR法によって母体DNA混入の有無を確認し、母体DNAの混入があった場合、胎児DNAと母体DNAの割合を定量的に評価することも可能です。
他にも、MCCの同時依頼には次のようなメリットがあると考えられます。
- VUSを検出した場合、無償の血縁者解析（母体）を速やかに開始することが可能です*2
- MCCでは、胎児と母体の生物学的な関連性を確認できるため、検体取り違え等による結果誤報告の防止、正確な結果報告に寄与すると考えられます
- *1 AMP（Association for Molecular Pathology）は、出生前検体で確定的検査を実施する場合、母体血混入試験も実施することを推奨しています6。また、ACMG（American College of Medical Genetics）は、出生前検体でマイクロアレイを実施する際に母体血混入試験を実施することを推奨しています7。
- *2 父親の血液検体は別途ご提出いただく必要があります。また、次子再発リスクの検討等を目的とした有償の両親検査（G 分染法、FISH 法等）をご依頼いただく場合は、改めてヘパリン採血管で血液検体をご提出いただく必要があります。
受託要項
| 検体 | 羊水もしくは絨毛組織、母体血液 |
|---|---|
| 採取容器 |
|
| 検体必要量 | 羊水：20 mL
母体血液：10 mL 【羊水検体採取に関する注意事項】 羊水への母体血混入を防ぐために、吸引した羊水の最初の2 mL は破棄し、残りを滅菌容器に入れてください。 |
| 検査方法の変更について | 基本的にSNPマイクロアレイ検査は直接法（検体中の胎児細胞からDNAを抽出しSNPマイクロアレイ検査を実施する）を試みますが、下記の①、②、③の場合は、直接法から培養法（検体中の胎児細胞の培養を試み、必要な細胞数が取得できた場合にSNPマイクロアレイ検査を実施する）へ変更になります。
※上記以外の検体に起因しない理由により直接法から培養法へ変更することがあります。検査のご依頼にあたっては、報告所要日数が長期化する可能性があることを予めご了承ください。 |
| 検査不可 | 凍結検体、凝固検体、溶血検体、指定外の容器に採取された検体 |
| 検体の保存条件 | 冷蔵 |
| 報告所要日数 | 16 日（ラボコープ・ジャパンにて検体を受領した日より起算） ※報告所要日数は検体の状態や検査の状況で前後する可能性があるため、目安の所要日数を示しており、上記所要日数以内の結果報告を保証するものではありません。 |
参考文献
- 周産期委員会報告：出生前検査における染色体マイクロアレイ検査の利用上の留意点（日本産科婦人科学会、2021年6月）
- ACOG Practice Bulletin No. 162: Prenatal Diagnostic Testing for Genetic Disorders, Obstet Gynecol. 2016 May;127(5):e108-22.
- Hui, L., et al., (2023), Position statement from the International Society for Prenatal Diagnosis on the use of non-invasive prenatal testing for the detection of fetal chromosomal conditions in singleton pregnancies. Prenatal Diagnosis, 43: 814-828.
- S Schwartz., et al., Prenatal SNP microarray analysis of over 60,000 patients: implications, importance and intriguing findings. Poster presented at the ACMG Annual Clinical Genetics Meeting, 2020 March 17-21; San Antonio, TX.
- Wellesley D, Dolk H, Boyd PA, Greenlees R, Haeusler M, Nelen V, et al. Rare chromosome abnormalities, prevalence and prenatal diagnosis rates from population-based congenital anomaly registers in Europe. Eur J Hum Genet. 2012;20:521–6.
- Nagan N, et al: Laboratory guidelines for detection, interpretation, and reporting of maternal cell contamination in prenatal analyses a report of the association for molecular pathology. J Mol Diagn. 2011 Jan;13(1):7-11, doi:10.1016/j.jmoldx.2010.11.013
- Shao L, et al: ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Chromosomal microarray analysis, including constitutional and neoplastic disease applications, 2021 revision: a technical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2021 Oct;23(10):1818- 1829. doi: 10.1038/s41436-021-01214-w. Epub 2021 Jun 15.